实验室设立管理委员会和学术委员会。实验室实行行政在管理委员会指导下、学术在学术委员会指导下的实验室主任负责制。

    实验室下设办公室，负责行政办公室、财务办公室、人力资源室和科技成果推广办公室的日常工作。同时下设五个分实验室，它们是：复杂系统的理论、方法与体系结构分实验室、复杂系统的多指标优化与多目标决策分实验室、复杂系统的综合智能控制分实验室、复杂系统的智能化人机交互及建模仿真技术分实验室和强对抗环境下的运动体参量自动检测及定位导航技术分实验室。各分实验室设学术带头人兼分实验室主任1人。